莲子生吃味道清香，但不可多吃，以免影响脾胃引起腹泻。莲子涩肠止泻，大便燥结者勿用，特别是年老体弱者，因阴虚内热，肠枯血燥引起的大便燥结，不应使用收涩伤阴之品。莲子芯苦寒，不宜空腹服用，胃寒怕冷者不喝莲子芯茶。莲子入药或入膳可先冷水浸泡，然后去皮去心，称莲子肉。加工莲子以砂锅最好，少用生铁锅，以免影响莲子色泽，导致其变黄变黑。
