收割时，将紫苏捆成小捆，通常五六株为一捆，放在通风处晾干。在脱粒时，使用机械脱粒或人工脱粒的方式，脱粒后及时筛选降水，当含水量低于9%时即可入库。苏子茎干变黄，大部分叶子脱落，为成熟的特征，最佳收获期在9月下旬至10月上旬。
