房屋登记不当的处理方式如下：
第一招——申请更正登记；
《中华人民共和国物权法》第十九条第一款规定：权利人、利害关系人认为不动产登记簿记载事项错误的，可以申请更正登记。
第二招——申请异议登记；
《物权法》第十九条第二款规定：不动产登记簿记载的权利人不同意更正的，利害关系人可以申请异议登记。登记机构予以异议登记的，申请人在异议登记之日起15日内不起诉，异议登记失效。异议登记不当，造成权利人损害的，权利人可以向申请人请求损害赔偿。如果权利人不同意更正的，利害关系人可以申请异议登记，但请注意，异议登记后，利害关系人需要在15日内向法院起诉。异议登记的作用就是将不动产目前的登记状态暂时封存，以防止权利人转移或出卖该不动产。
第三招——提起民事诉讼；
第四招——提起行政诉讼。
