农田土地使用证的办理程序如下:一、土地登记申请。需要提交以下资料:1、土地登记申请书。2、土地使用权利人身份证或户口册复印件。3、土地使用的权属证明材料。4、初始登记颁发的土地证书。5、建设用地批准书。6、批准用地缴税费发票或罚款收据复印件。二、地籍调查。国土资源所派员进行地籍权属调查。三、权属审核。地籍调查符合规定的在20个工作日内给予办理并报县级人民政府审查批准。四、登记发证。县级人民政府登记造册,核发证书,确认使用权。