农村土地使用证分户的流程是：1、由单位申请按政策办理土地分户，即每户要办理划拨土地使用证；2、然后每一户各自再按政策补办土地出让手续，办理出让土地使用证，这样才能贷款；3、建议协议分配土地，后拿协议书去土管局办理分户手续。
