①使用发票不同。小规模纳税人销售只能使用普通发票，不能使用增值税专用发票，购买货物与一般纳税人相同，可以收普通发票也能收增值税专用发票，二者收取增值税专用发票后账务处理不同.一般纳税人按价款部分入成本，税款部分入"应交税金--应交增值税--进项税额"账户；小规模纳税人则按全额进入成本。
②应交税金的计算方法不同。一般纳税人按"抵扣制"计算税金，即按销项减进项后的余额交税.小规模纳税人按销售收入除于（1+适用税率）后的金额再乘税率计算应交税金，工业6%，商业4%。
③税率不同，一般纳税人分为0税率、13%税率、17%税率。小规模纳税人，商业企业按4%；工业企业按6%，（免税的除外）。
