蛋白质二级结构形成的基础是氢键，蛋白质的二级结构是指蛋白质多肽链本身的折叠和盘绕的方式.其基本单位主要有α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则转曲四种类型。蛋白质在形成立体结构时，其多肽链部分首先折叠成α-型螺旋（α-helix）和β-型(β-sheet)结构，并由此进一步可折叠成球形。此时，将α螺旋和β型结构称为二级结构。在蛋白质以外，例如在tRNA有三叶草叶型结构，也可称为二级结构。
