1、化学清除法：使用除藻剂，效果普通，优点是对任何藻类都有效，且可有效清除附着在水草、沉木等不易清除地方的藻类，缺点是依据品质不同对鱼和生态平衡有一定程度的冲击。2、生物清除法：使用除藻动物，如：笠螺、白玉飞狐、琵琶鼠、黄金琵琶鼠、黑壳虾、大和藻虾来控制藻类的数量，效果为三种中所花费时间较长，但最安全也最省力的方式。
