工伤认定申请不通过的情形有：
(1)对于工伤认定未能提交充分资料，同时在行政机关发出补正通知书后，规定时间内未能做出补正的，工伤认定机关理应不受理。
(2)对于工伤认定超过申请时效的，除特殊原因外，工伤认定机关可以驳回申请，不予受理。
(3)伤者或者伤者家属、用人单位，对所申请的，不予受理的工伤认定决定不服的，可以于60日内，向当地人民政府，或者高一级人力资源和社会保障行政部门，提起行政复议，或者在90日内，直接向当地人民法院提起诉讼。
【法律依据】
《工伤保险条例》第五十五条之规定，受伤害职工或该职工所在单位对工伤认定结论不服的，可以依法申请行政复议，也可以向人民法院提起诉讼。
