首先用盐水浸泡，然后清水冲洗。最重要的是，烹饪过程中确保煮熟，这样才能有效杀死各类病虫。每100克水芹菜可食用部分中含蛋白质2.5克，脂肪0.6克，碳水化合物4克，膳食纤维3.8克，维生素c含39毫克。另含有挥发油、甾醇类、醇类、脂肪酸、黄酮类、氨基酸等物质。具有较高的药用价值。
