本草纲目在药物分类上改变了原有上、中、下三品分类法，采取了“析族区类，振纲分目”的科学分类法，把药物分矿物药、植物药、动物药。又将矿物药分为金部、玉部、石部、卤部四部。
植物药一类，根据植物的性能、形态、及其生长的环境，区别为草部、谷部、菜部、果部、木部等5部；草部又分为山草、芳草、醒草、毒草、水草、蔓草、石草等小类。动物一类，按低级向高级进化的顺序排列为虫部、鳞部、介部、禽部、兽部、人部等6部。还有服器部。这种分类法，已经过渡到按自然演化的系统来进行了。从无机到有机，从简单到复杂，从低级到高级。
