商业秘密司法鉴定的问题有:(一)关于鉴定机关的资质问题;(二)关于当事人的举证责任问题;(三)关于出版物公开和秘密性的关系问题。【法律依据】《司法鉴定程序通则》第2条规定:“司法鉴定机构接受鉴定委托,应当要求委托人出具鉴定委托书,提供委托人的身份证明,并提供委托鉴定事项所需的鉴定材料。委托人委托他人代理的,应当要求出具委托书。”