根据违章行为性质而定；如果应当扣分，不会因车辆性质是摩托车而不扣。
摩托车和小型客车一样都是机动车，无论是骑摩托车违法还是开小车违法，都是扣驾驶人的分。
一个驾驶人只能有一本驾驶证，记分总分只有12分。
【法律依据】
《道路交通安全法实施条例》第二十三条规定，公安机关交通管理部门对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为除给予行政处罚外，实行道路交通安全违法行为累积记分(以下简称记分)制度，记分周期为12个月。对在一个记分周期内记分达到12分的，由公安机关交通管理部门扣留其机动车驾驶证，该机动车驾驶人应当按照规定参加道路交通安全法律、法规的学习并接受考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。应当给予记分的道路交通安全违法行为及其分值，由国务院公安部门根据道路交通安全违法行为的危害程度规定。公安机关交通管理部门应当提供记分查询方式供机动车驾驶人查询。
