含生物活菌的有机肥或菌肥，尽量不与复合肥一起混用，高含量的氮和菌混在一起确实对活菌有触杀作用，过高的氮能杀死一些生物活菌。化肥属于无机盐类，与菌肥混用，微生物周围盐浓度过高，会造成菌种生理性失水而死亡。另外，有些挥发性的化肥，氨气也会杀菌。所以，真正地菌肥是不能跟化肥直接混用的。
