项目扶持资金入账，可以计入“专项应付款”科目，如果记入该科目，就不涉及营业税和所得税缴纳问题。这笔款项也可以计入“补贴收入”科目，如果计入补贴收入的话，不交营业税，但要结转到本年利润中计算缴纳所得税。企业在日常活动中按照固定的定额标准取得的政府补助，应当按照应收金额计量，借记其他应收款科目，贷记营业外收入(或递延收益)科目。不确定的或者在非日常活动中取得的政府补助，应当按照实际收到的金额计量，借记银行存款等科目。
