微生物去除有机物的四个阶段为：水解阶段：有机物会被细菌胞外酶分解成小分子。发酵阶段：小分子的化合物在发酵菌的细胞内转化为更为简单的化合物，并分泌到细胞外，这一阶段主要产物为挥发性脂肪酸、醇类、乳酸、CO2、氢、氨、硫化氢等。产酸阶段：即上一阶段产物被进一步转化为乙酸、氢、碳酸以及新的细胞物质。产甲烷阶段：在这一阶段乙酸、氢、碳酸、甲酸和甲醇等被转化为甲烷、二氧化碳和新细胞物质。
