适量的低聚木糖没有副作用。
用唾液、胃液、胰液和小肠酶液进行的消化实验表明：各种消化液几乎都不能分解低聚木糖，它的能量值几乎为零，既不影响血糖浓度，也不增加血糖中胰岛素水平，并且不会形成脂肪沉积。
故可在低能量食品中发挥作用，最大限度地满足了那些喜爱甜品而又担心糖尿病和肥胖的人的要求，因此糖尿病人、肥胖病人和低血糖病人均可放心食用。
研究表明，日常饮食中摄取少量的低聚木糖，便能体现出保健效果，当低聚木糖与钙同时摄入时，它不但不会影响机体对钙的吸收，反而能起促进作用，试验结果表明，任意摄取2%低聚木糖水溶液，7日后机体对Ca的保留率提高了21%。
低聚木糖对病原菌有较强的吸附力，如大肠杆菌、肠炎门氏菌、肺炎克雷伯氏菌、嗜水气单胞菌等都能吸附到低聚木糖上，由于低聚木糖不被肠道中的消化酶所降解，可携带附着的病原菌通过肠道排出体外，从而防止疾病在肠道中集群，达到防止腹泻的目的。
