蛋白质结构预测的一般流程是：1、提取和纯化目标蛋白；2、蛋白结晶；3、X光衍射或核磁共振检测；4、解谱；5、重构晶体结构；6、验证。蛋白质结构是指蛋白质分子的空间结构。蛋白质主要由碳、氢、氧、氮等化学元素组成，是一类重要的生物大分子，所有蛋白质都是由20种不同氨基酸连接形成的多聚体，在形成蛋白质后，这些氨基酸又被称为残基。
