存储的方式不一样：比如身份证复印件是纸质版，只能人工储存。身份证扫描件可以存成电子文档。扫描是运用电脑扫描的，可以存成电子文档，也方便远程传递，如发邮件、上传等，还可以进行电脑处理。复印则只会按原来的样子产生一张纸质的图片，不能用网络传递和电脑处理，但是可以用邮局邮寄。
用途不一样：身份证复印件是一般性证明文件，只用于普通类档案管理。身份证扫描件远程传递，如发邮件、上传等，还可以进行电脑处理。
效果不同：有一个彩色合格证，用彩色打印机直接进行黑白复印，其中的红字变成黑色字了。如果用PHOTOSHOP把该彩色合格证先扫描下来，变成灰度图，然后再打印，其中的红字呈现浅灰色。直接复印件与扫描后再打印，效果不一样，复印件颜色深。（当然，如果进行彩色复印，与扫描后再彩色打印，颜色差别也有，但不如黑白打印这样明显）。
