在法律认定的角度，分居协议不能约束夫妻是否出轨的事项，仅是认定感情破裂的证据。但是只要是出轨就是不合法的。
【法律依据】
《婚姻法》第三十二条：男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应准予离婚：
1、重婚或有配偶者与他人同居的;
2、实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的;
3、有赌博、吸毒等恶习屡教不改的;
4、因感情不和分居满二年的;
5、其他导致夫妻感情破裂的情形。
6、一方被宣告失踪，另一方提出离婚诉讼的，应准予离婚。
