南京重点大学有很多，其中较为知名的有:
1、南京大学:是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，国家首批“双一流”、“211工程”、“985工程”重点建设高校；
2、东南大学:是中华人民共和国教育部直属的中央直管、副部级全国重点大学，著名的建筑老八校及原四大工学院之一，国家首批“211工程”、“985工程”、“双一流”入选高校；
3、南京航空航天大学:是中华人民共和国工业和信息化部直属的一所具有航空航天民航特色、以理工类为主的综合性全国重点大学，是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”重点建设高校；
4、河海大学:是一所有百年办学历史，以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属，教育部、水利部、国家海洋局与江苏省人民政府共建的全国重点大学。
