不能认定被告人有罪的，作无罪判决。如果是民事案件，由举证人承担不利后果。
运输毒品案如果证据不足够的话是很难被判刑的，因此想要追究该犯罪嫌疑人的法律责任的话是比较困难的，最好是能够一开始处理。
【法律依据】
《刑事诉讼法》第二百条，在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
(一)案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；
(二)依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；
(三)证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条，当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。
没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。
